Можно ли регистрировать сайты в одной панели Вебмастера Яндекса?

Константин, ситуация понятна, но не факт, что к проектам применены какие-либо санкции, вероятно, это естественное поведение и более-менее нормальный объем поискового трафика, учитывая качество, возраст и степень оптимизации проектов. Хотя данные по объемам трафика и не впечатляют.

Проверка наличия санкций

Проверить, есть ли на совокупности проектов аффилиат-фильтр можно с помощью бесплатного инструмента «Пиксель Тулс». К сожалению, вы не указали доменные имена, а то можно было бы дать ответ наверняка.

Если инструмент не диагностирует наличие санкций вида аффилированности, то как-то по другому мешать друг другу два и большее число проектов, указанный в одной учётной записи панели Вебмастера Яндекса — не могут.

Стоит ли разнести сайты?

Да, мы рекомендуем разносить проекты по различным учётным записям в панелях Вебмастера, Яндекс.Метрики, Директа и прочих сервисов, которые вы используйте. Как так, автоматический и ручной механизм применения аффилиат-фильтра учитывает множество параметров (смотрите список) и может сработать даже для сайтов разных владельцев.

Использовать при этом ПК с разными IP, по нашей оценке, не обязательно. Если сайты действительно принадлежат разным владельцам, предлагают свою продукцию, уникальный сервис и так далее, то никаких проблем с их аффилированностью быть не должно и истинная причина кроется в чём-то ещё.

Итого:

• Проверьте наличие аффилиат-фильтра на проектах с помощью «Пиксель Тулс».

• Если диагностировалось наличие санкций, то максимально оперативно устраняйте все пересечения, опираясь на список факторов. При этом, если фильтр уже применён, то простая смена учётной записи в Вебмастере вам слабо поможет, требуется, как минимум, переносить сайты на разные хостинги, IP, вероятно, CMS. Конечно, проверять и пересечения в контенте.

• Если аффилированности нет, то всё равно разнесите проекты по различным учётным записям — хуже не будет.

Удачи в проведении самостоятельной диагностики и обеспечения кратного роста поискового трафика!