Здравствуйте, Лилия.

В целом, требуется для начала проверить, отображается ли содержимое данных всплывающих окон в исходном коде документа (посмотреть исходный код можно нажатием на клавиши «CTRL+U»)? Далее разберем три возможных ситуации.

Содержимое отображается

Если в исходном коде документа все всплывающие окна отображаются как обычный текст, то данное содержимое безусловно требуется закрывать от индексации. Оптимально сделать это скриптом, так чтобы в исходном коде это выглядело примерно как:

<div class="oplatatext"></div>

Иначе, данный текст искажает ряд факторов текстовой оптимизации ресурса.

Использование тега <noindex> тут не желательно, так как он воспринимается только поисковой системой Яндекс, а для Google содержимое окон по-прежнему будет доступно для индексации. Если же и решите использовать данный способ, используйте валидный (правильный) код:

<!--noindex-->Текст недоступный для индексации в Яндексе.<!--/noindex-->

Содержимое отображается как комментарий

Часто, содержимое всплывающего окна отображается в исходном коде, но не в качестве текста, а в качестве html-комментария или каким-то другим способом.

При этом содержимое данных тегов не включается в текстовый индекс поисковой системы (проверить это можно поиском по сайту заданного фрагмента). Тогда можно не предпринимать никаких действий, если не боретесь за чистоту кода. Если хотелось бы облегчить страницы, то лучше скрыть данные фрагменты также с помощью скрипта.

Содержимое не отображается

Здесь ответ очевиден — можно не предпринимать никаких действий.

Удачи в работе и самостоятельной правильной оптимизации сайта!