Приветствую, Дмитрий. Давайте составим несколько практических рекомендаций по работе с вашим проектом http://www.komfort74.ru/. Жалко, конечно, что не предоставили хотя бы 3-5 запросов, по которым у вас наблюдаются проблемы с SEO и динамикой позиций и основной регион продвижения. Будем делать акцент на Москве.

Практические SEO-рекомендации

Судя по таблице позиций (см. ниже, семантику мы взяли самостоятельно), ситуация, действительно, не очень позитивная.

В первую очередь

1. Проверьте ещё раз привязку географическую сайта в панели Вебмастера. Точно ли, регион «Москва» указан именно так? Без области и т.д. Оптимальный набор регионов для вас: Москва, Челябинск, Россия.
2. Инициируйте общение со службой поддержки Яндекса. Уточните прямым текстом: всё ли хорошо с ранжированием нашего сайта?
3. Проведите шаблонную оптимизацию карточек товаров. Сейчас Title на страницах равен H1, это не оптимальное решение для сбора НЧ-трафика.
4. У вас уже реализован rel="canonical", поэтому рекомендуется открыть страницы с GET-параметром «add-to-cart» в файле robots.txt. Скрытие такого большого числа страниц, на которые ведут индексируемые ссылки с большинства документов на сайте — не самая удачная затея. Ещё лучше — реализовать добавление в корзину другим техническим способом.
5. Сильно увеличьте число вхождений топонимов в тексты и Title. В частности, сейчас по запросу вида [site:http://www.komfort74.ru/ title:москва] в выдаче находится всего лишь 3 документа (реализованные объекты, менее 1% всех документов). Ваша задача: увеличить число данных упоминаний многократно. Оптимально — на каждой продвигаемой в Москве странице.
6. Довольно много где используется тег «noindex». Мы бы порекомендовали свести его использование к минимуму. Если требуется что-то скрыть от индексации — используйте скрытие через AJAX.
7. Сократите путь до карточек товаров. Выведите часть (самые популярные товары) более наглядно в разделы и на главную страницу. Сейчас каталог продукции реализован крайне неудобно. Вероятно, тут стоит полностью переделать логику его вывода.
8. Повысьте статический вес и объем уникального контента на документах вне индекса Яндекса. Сейчас на сайте не проиндексировано до 50% страниц. Задача: повысить полноту индексации до 90% и более.
9. Выведите акции и спецпредложения на видное место на сайте. Оптимально — главная страница.
10. Удалите ссылки на все пустые разделы (или сами разделы), в том числе «Вакансии» и т.п. Наличие пустых страниц негативно сказывается на позициях, а таковые имеются на сайте.

Относительно ссылочного

Нет, тут причина таких позиций явно не в отсутствии или малой доле естественных ссылок.

Удачи в самостоятельном проведении работ по выводу сайта на лидирующие позиции!